按專利權之授與，同時也宣告了排除他人享有及限制他人使用該項權利之機會，因此確認專利權所欲保護之範圍，係維持專利制度的首要之務。然而，以文字表現技術思想，並非容易之事，是以當專利權有疏失、缺漏，或有不明瞭之記載，甚至當專利權之有效性遭受挑戰時，透過專利更正藉以維持專利有效性之案例比比皆是，專利更正之重要性可見一般。

關於舉發案繫屬於行政法院後，專利權人是否仍得就系爭專利提出更正之申請，學說與實務間容有不同之見解，依智慧局專利審查基準第一篇第五章第4節「更正」之說明，就已作成撤銷專利處分之專利於行政訴訟階段中提出更正時，因撤銷處分已生實質上之拘束力，在未經行政爭訟程序將原處分撤銷之前，專利權人所提之更正申請應不予受理。惟現行專利法中並未對專利人申請更正之時點及次數加以限制，專利法第73條第2項更明文規定專利撤銷發生效力之時點，智慧局專利審查基準明顯牴觸專利法之規定。

不過最高行政法院在99年度判字第289號判決中表示：「於專利舉發案，其系爭專利說明書及圖式係專利舉發案作成舉發審定之基礎，若原處分機關作成舉發審定前已依專利法第71條規定通知專利權人，並限定於相當期間得申請更正者，專利權人如未於限期內依法申請更正，或於限期內申請更正惟經專利專責機關否准更正者，原處分機關在限期經過後乃基於原公告內容審查作成舉發成立審定，將其專利權予以撤銷，該舉發成立審定雖因專利權人對其依法提起行政爭訟而尚未確定，但原處分機關已基於原公告內容審查作成舉發成立審定，將其專利權予以撤銷後，當不再容許專利權人申請更正，以符合專利法第71條規定限期作為之立法意旨，並維持舉發審定基礎之安定性。」又該判決中更進一步指出：「查本件上訴人於96年5月22日對其第00000000號系爭專利，向被上訴人申請更正申請專利範圍，因系爭專利業經被上訴人於96年4月20日以（96）智專三05026字第09620220930號函審定舉發成立，應撤銷其專利權在案，經上訴人提起行政救濟中（業經臺北高等行政法院97年度訴字第673號判決駁回上訴人之訴，上訴由本院審理中），當已脫離被上訴人之繫屬，上訴人於系爭專利舉發案審定前，自舉發日期93年7月30日至審定處分發文日96年4月20日，約有長達2年8月餘可供對之提出更正案以併案審查之期間，但上訴人在該段期間，除於所陳曾於93年9月7日對之提出更正案，因被上訴人認系爭專利已經變更實質而否准更正外，上訴人並未於該期間內再對之提出新更正申請，卻遲至系爭專利經被上訴人審定舉發成立，作成系爭專利應予撤銷之處分後，始又提出更正申請，揆諸首揭說明，即有未合。又行政處分雖因相對人或關係人對其依法提起行政爭訟，而阻卻其確定。惟行政處分作成後，對外直接發生法律效果時，即對於相對人、關係人及原處分機關發生拘束力，亦即行政處分其作成係單方面，而其拘束力係雙方面。上訴意旨主張撤銷專利權處分之拘束力僅對國家發生，容有誤解拘束力之對象，尚不足採。原判決因而維持被上訴人不予受理之處分，即屬有據，難謂有適用法規錯誤，增加法律所無之限制及違反法律保留原則之違法情事。另上訴意旨主張被上訴人未就系爭專利之更正申請為實體審究，違反比例原則及明確性原則，暨本件更正之申請內容並未變更系爭專利之實質技術內容等語，核屬系爭專利更正之申請，其更正有無變更系爭專利申請專利範圍之實體爭執，依程序未合實體不論原則，尚非本件審究範圍，附此敘明。」

承上，最高行政法院為維持舉發審定基礎之安定性，對於原處分機關作成舉發審定前已依專利法第71條規定通知專利權人，並限定於相當期間得申請更正者，專利權人如未於限期內依法申請更正，或於限期內申請更正惟經專利專責機關否准更正者，原處分機關在限期經過後乃基於原公告內容審查作成舉發成立之審定雖因專利權人對其依法提起行政爭訟而尚未確定，但不再容許專利權人申請更正，以符合專利法第71條規定限期作為之立法意旨。惟專利法第73條第1項已明確規定發明專利權（新型專利依同法第108條準用第73條、新式樣專利依同法第129條準用第73條）經撤銷後，倘未依法提起行政救濟或提起行政救濟經駁回確定者，即為撤銷確定。反面言之，若依法對該舉發成立之審定提起行政爭訟則該審定將因此而尚未確定。是以，假設當原處分機關作成舉發審定前未依專利法第71條規定通知專利權人並限定於相當期間得申請更正之情形下，是否仍得作出相同之解釋，似乎不無疑問。

例如智慧財產法院99年度行專訴字第9號判決中，僅以：『按發明專利權人申請更正專利說明書或圖式，僅得就下列事項為之：「一、申請專利範圍之減縮。二、誤記事項之訂正。三、不明瞭記載之釋明。說明書、圖式經更正公告者，溯自申請日生效。」，此分別為專利法第64條第1 項及第4 項所明定。本件原告於本件行政訴訟階段，提出更正申請專利範圍之主張，惟依前揭規定意旨，對已取得專利權之專利固得依法提出更正申請，然必以該專利仍合法存在繫屬原處分機關始可為之。倘該核准之專利遭舉發，且尚在審查中，因專利權仍屬存續，專利權人所提更正申請固得及時併案審查；惟若其專利業經審定舉發成立，應撤銷其專利權者，因已發生實質上之法律效果，若受理其更正申請並為核准公告，依前述規定該更正回溯自申請日生效，勢將影響原舉發審定之法律安定性，是縱使該審定處分所生之行政訴訟程序仍繫屬於法院尚未確定，被告機關仍應不予受理。準此，本件原告於行政訴訟階段始提出申請專利範圍之更正申請，為無理由，不應受理。』為由，即認定於行政訴訟階段提出之更正申請，為無理由，不應受理。然此一案例與前述最高行政法院所揭櫫之情形有別，原處分機關作成舉發審定前並未依專利法第71條規定通知專利權人且限定於相當期間得申請更正。

然而，最高行政法院在100年度判字第1820號判決中更直接了當地表明，依現行專利法第71條係規定，智慧局於舉發審查時，得依申請或依職權通知專利權人依同法第64條第1項及第2項規定更正。因此，專利舉發案之更正申請自應於舉發審查階段為之。該判決並指出除非有例外情形發生，譬如專利舉發申請人依智慧財產案件審理法第33條第1項規定提出之舉發新證據，於防禦方法上如未予專利權人對該舉發新證據得有就請求項申請更正之機會，則於專利權人訴訟防禦地位顯失均衡，始生專利權人對該新證據之提出，於防禦方法上有申請請求項更正程序利益問題。

其實過去係因專利法第67條第3項規定舉發人在舉發審定後即不得再行提出舉發證據，故同時要求專利權人僅得於舉發審定前提出更正，以免造成舉發審定所審查之基礎事實處於不確定狀態，影響救濟程序之進行。然而依智慧財產案件審理法第33條第1項之規定，關於撤銷、廢止商標註冊或撤銷專利權之行政訴訟中，當事人於言詞辯論終結前，就同一撤銷理由提出之新證據，智慧財產法院仍應審酌之。是以，若仍未適度放寬申請更正之時點，倘舉發人刻意將強而有力之證據保留至行政訴訟始提出，將使專利權人因無法更正而處於武器不平等之地位。

有鑑於此，智慧財產法院於98年行專訴字第52號判決中，為避免上述情形之發生而作出了闡釋，該判決明確指出：「原處分及訴願決定，依作成時事實及法律狀態，原無違誤；惟原告於本件訴訟中提出新證據之組合，經本院審酌後，認已足證更正後系爭專利申請專利範圍第1 項不具進步性，而有違專利法第94條第4 項規定，是原處分及訴願決定已無可維持，原告訴請撤銷，為有理由，應予准許。至原告訴請被告應作成撤銷系爭專利權之審定部分，因原告於本件訴訟中始提出新證據，參加人無法及時於被告舉發審查階段斟酌是否為申請專利範圍之更正，為兼顧參加人對舉發證據原可於專利專責機關審查階段提出更正申請專利範圍之程序利益，本件有待發回由被告依本院上述法律見解再為審查處分；原告訴請被告應作成撤銷系爭專利權之審定部分，並未達全部有理由之程度，依行政訴訟法第200 條第4 款意旨，原告在請求命被告遵照本院判決之法律見解對原告作成決定部分為有理由，逾此部分不應准許，應予駁回。」

另一方面，依民國100年12月21日經總統公布之新專利法第77條規定，舉發案件審查期間若專利權人提出更正案時，舉發與更正應合併審查及審定。然而，若專利權人未於舉發審查期間提出更正案，是否於舉發案繫屬於行政爭訟程序時仍得提出更正之申請？就新專利法第67條有關更正之規定以觀，並未限制更正提出之時點，然而依前述最高行政法院99年度判字第289號判決與最高行政法院100年度判字第1820號判決中之見解，係認為在專利舉發案中，為維持舉發審定基礎之安定性，對於智慧局作成舉發審定前已依現行專利法第71條規定通知專利權人，並限定於相當期間得申請更正者，專利權人如未於限期內依法申請更正，或於限期內申請更正惟經智慧局否准更正者，智慧局在限期經過後乃基於原公告內容審查作成舉發成立之審定雖因專利權人對其依法提起行政爭訟而尚未確定，但不再容許專利權人申請更正，以符合現行專利法第71條規定限期作為之立法意旨。然而本文以為，縱使有最高行政法院所稱之例外情形發生，實務上之作法應會如同智慧財產法院98年度行專訴字第52號判決，透過將舉發案發回智慧局重為審查處分之方式，來兼顧專利權人提出更正申請之程序利益，仍不會允許專利權人在舉發案繫屬於行政爭訟程序時提出更正申請。

前述最高行政法院之見解，皆是以現行專利法第71條第1項第3款之規定，做為其主要立論依據，惟新專利法第76條已將現行專利法第71條關於舉發審查時智慧局得職權通知專利權人限期更正之規定予以刪除。因此新專利法施行後，實務上有無可能為了平衡舉發人與專利權人攻擊防禦方法之行使，相應於智慧財產案件審理法第33條第1項允許舉發人可於行政訴訟階段提出新舉發證據，亦允許專利權人在舉發案繫屬於行政爭訟程序時提出更正，以期能使雙方武器平等，有利於紛爭一次解決，對此仍有待觀察。