在智慧財產權越來越受到重視的現在，對於企業來說，智慧財產權的運用可能性也更加地廣泛，其中，專利權的取得、行使也漸漸成為企業不可忽視的課題。對企業來說，在理想的狀態下，取得專利權後除了主動行使權利外，擁有專利權亦可作為與其他企業談判交涉時之籌碼。而現行制度下，關於專利權行使之相關爭議，大多係透過專利民事訴訟途徑加以解決，其中最常見的便是向智慧財產法院提出專利民事侵權訴訟。而就專利權本身之相關爭議，則須循行政程序進行處理，其中最常見者為向智慧財產局提出舉發程序。前述情形看似分屬司法與行政兩種不同之體系，然而實質上卻息息相關。詳言之，在專利權的行使與攻防中，經常會出現專利權人提起侵權民事訴訟後，被控侵權人為了反擊而對系爭專利提出舉發，且同時在侵權民事訴訟中爭執系爭專利是否具備有效性，此時智慧財產法院依智慧財產案件審理法第16條第1項之規定，應就系爭專利是否具有應撤銷之原因自為判斷。因此，屬於行政程序之舉發制度雖然是向智慧財產局提出，但若對智慧財產局所做成之處分（舉發審定）有所不服時，在經過訴願程序後，最終的行政爭訟救濟程序仍會進入司法體系，亦即交智慧財產法院審理，形成不論侵權民事訴訟或舉發行政訴訟，關於系爭專利是否具備有效性之判斷均委由之智慧財產法院認定之局面，實質上自然可謂息息相關。以下擬藉由實務見解，簡單介紹專利民事訴訟與專利行政訴訟間之關係。

一、專利行政訴訟撤銷專利之課予義務確定判決與專利民事訴訟之有效性認定

就系爭專利在有侵權民事訴訟與舉發行政訴訟同時繫屬的情況下，在均由智慧財產法院審理之制度下，可合理推論關於專利是否具備有效性之判斷，民事訴訟與行政訴訟判斷結果分歧之可能性不會太大。然而倘若行政訴訟中已先行作成課予義務判決，命智慧局應為撤銷專利權之審定，且該課予義務判決確定時，則可能會衍生出兩個問題：

（一）專利權人可否於智慧局依課予義務確定判決作成舉發成立之審定後，再行提出行政爭訟？

關於此一問題，專利權人就形式上仍可提出行政爭訟，但實質上應已不能再循通常救濟途徑聲明不服。申言之，專利權人提起之訴訟類型雖為撤銷訴訟（即請求撤銷舉發成立之審定），與在前訴已判決確定者為課予義務訴訟有別，不過由於舉發人課予義務訴訟之對象為系爭專利權存否之法律關係，專利權人撤銷訴訟之對象亦為系爭專利權存否之法律關係，二訴訟標的均為系爭專利權存否之法律關係，故前後二訴訴訟標的相同。兼且實務上目前之作法均會在行政訴訟程序中命專利權人或舉發人參加訴訟，依行政訴訟法第47條規定，所作成之判決對參加人亦有效力。是以，縱使專利權人於智慧局依課予義務確定判決作成舉發成立之審定後，形式上再行提出行政爭訟，惟因同一訴訟標的為確定判決效力所及之後訴，故依行政訴訟法第107 條第1 項第9 款規定，應裁定駁回專利權人所提行政訴訟。此可參智慧財產法院100年度行專訴字第112號裁定，另該98年度高等行政法院法律座談會法律問題四之研討結論亦採相同見解。

（二）侵權民事訴訟中關於專利是否具備有效性之爭點是否仍須依智慧財產案件審理法第16條第1項進行審理？

1.無須實質審酌（智慧財產法院99年度民專上字第67號判決）
在智慧財產法院99年度民專上字第67號判決之見解中明確指出，依行政訴訟法第213條、第215條及第216條之規定，行政訴訟確定裁判之效力，不僅適用於撤銷訴訟，亦適用於課予義務訴訟，撤銷或變更原處分或決定之判決，就其事件有拘束各關係機關之效力，原處分或決定經判決撤銷後，機關須重為處分或決定者，應依判決意旨為之，故具有對世效。另參照大法官會議第368號解釋，行政法院所為撤銷原決定及原處分之判決，係指摘其適用法律之見解有違誤時，機關應受行政法院判決之拘束，不得違背。又判斷行政法院判決之既判力客觀範圍，應依原告起訴主張之原因事實所特定之訴訟標的法律關係為據，凡屬同一原因事實所涵攝之法律關係，均應受既判力之拘束。依此，行政訴訟中既已先行作成課予義務判決，命智慧局應為撤銷專利權之審定，且該課予義務判決確定時，除非該課予義務確定判決就證據是否適格、適格之證據如何證明系爭專利不具進步性等部分，未有詳述認定之依據或是容有違誤之處，否則關於系爭專利有不具進步性之應撤銷理由，業據該課予義務判決確定後發生確定力，侵權民事訴訟中就是否具備有效性自不得為相異之判斷。
2.仍須實質審酌（最高法院102年度台上字第2067號判決）
對於前揭智慧財產法院99年度民專上字第67號判決之見解，最高法院102年度台上字第2067號判決似乎採取不同之看法。最高法院於判決中指出，依智慧財產案件審理法第16條第1項之規定，即於智慧財產之民事訴訟中，當事人就智慧財產權有無應撤銷或廢止之爭點如已提起行政爭訟，民事法院無庸於該行政爭訟程序終結前停止訴訟程序，應就該爭點自為判斷。又專利權須經撤銷確定，專利權之效力始得視為自始不存在，此觀專利法第120條準用同法第82條第3項即明。系爭專利業經行政判決撤銷，並諭知智慧局應為舉發成立撤銷系爭專利權之審定確定，為原審確定之事實，智慧局固應依行政判決作成舉發成立撤銷系爭專利權之處分，惟該判決僅係撤銷智慧局認定舉發人所為舉發不成立之處分，並未變動系爭專利權存在之法律狀態，則在智慧局重為撤銷系爭專利權處分之行政爭訟程序尚未終結前，系爭專利權仍為有效，原審法院就系爭專利權之有效性即應實質審查而為判斷。

關於最高法院102年度台上字第2067號判決之見解，本文以為，就專利權人行政爭訟救濟權利保障之觀點而言雖非無見，惟依最高法院100年度台抗字第66號裁定之意旨，判斷既判力之客觀範圍時，自應依原告起訴主張之原因事實所特定之訴訟標的法律關係為據，凡屬確定判決同一原因事實所涵攝之法律關係，均應受其既判力之拘束。依此，配合智慧財產法院100年度行專訴字第112號裁定與98年度高等行政法院法律座談會法律問題四之研討結論，可知專利權人縱使形式上再行提出行政爭訟亦無實益，依行政訴訟法第107 條第1 項第9 款規定，必然會遭裁定駁回。從而，在撤銷專利之課予義務判決確定後，是否仍有必要以智慧局重為撤銷系爭專利權處分之行政爭訟程序尚未終結前，系爭專利權仍有效為由，要求民事訴訟之審理法院就系爭專利是否具備有效性進行實質審查並為判斷，或許可從一事不再理禁止及避免訴訟資源浪費之觀點上重新思考。

二、專利民事訴訟確定判決與舉發成立撤銷確定

現行專利民事訴訟中，被控侵權人除了爭執被控侵權物未落入系爭專利之申請專利範圍外，大多會同時依智慧財產案件審理法第16條之規定，主張或抗辯系爭專利有應撤銷之原因，亦即對系爭專利是否具有可專利性加以爭執，已如前述。某些情況下，被控侵權人除了於民事訴訟中提出專利無效抗辯作為防禦之手段外，甚至有可能會同時向智慧財產局就系爭專利提出舉發，希冀透過舉發程序將專利權撤銷，對權利人予以直接根本之反擊。

依照權責歸屬之分配，舉發程序屬於行政審查之程序，和專利民事訴訟之司法程序有別，原則上應各自獨立進行，惟如前所述，兩者判斷結果間係存在有實質上之關聯性。詳言之，法院審理專利民事訴訟時，雖得就系爭專利是否具有應撤銷之原因自為判斷，然而縱使法院認系爭專利有撤銷之原因時，其效果僅為專利權人於該民事訴訟中不得對他造主張權利。反觀舉發程序之行政處分，若智慧財產局作成舉發成立之審定時，則會將系爭專利予以撤銷，而專利權經撤銷確定後，專利權之效力視為自始不存在（按專利法第82條之規定，發明專利權經撤銷後，若未依法提起行政救濟或提起行政救濟經駁回確定時，即為撤銷確定。新型專利權依專利法第120條準用第82條，設計專利權依專利法第142條準用第82條）。

理論上，由於法院獨立行使職權進行審理，專利民事訴訟與專利行政訴訟之結果容有出現矛盾之可能性。例如，在專利民事訴訟中法院判斷系爭專利並無應撤銷之原因存在，從而在系爭專利具有可專利性之前提下，最後作成被控侵權人構成專利侵權應負損害賠償責任之結論並經判決確定後，於智慧財產局進行之舉發程序，卻作成舉發成立專利權應予撤銷之審定，並經行政爭訟程序後確定，兩者結論顯然產生矛盾，此時被控侵權人應如何救濟則為重點所在。

關於此種情形，可參最高法院101年度台抗字第683號裁定之見解。在該案中，被控侵權人主張智慧財產局已撤銷系爭專利之核准審定，存在有為判決基礎之行政處分已變更之情事，依民事訴訟法第496條第1項第11款之規定提起再審之訴，卻遭原審法院以相對人就智慧財產局所為「舉發成立，應撤銷專利權」之審定已提起訴願，該行政處分尚未確定，應認再審之訴為不合法，裁定駁回其訴。就原審所為之判斷，最高法院於前揭裁定中首先指出，民事訴訟法第502條第1項所謂再審之訴不合法，係指再審之訴不合程式或已逾期間或法律不應准許者而言。本件被控侵權人主張為原確定判決基礎之行政處分已變更，依民事訴訟法第496條第1項第11款規定提起本件再審之訴，所指為判決基礎之行政處分已變更之情形是否實在，為其訴有無理由之問題，其准駁應以判決為之，乃原法院竟認其為不合法，裁定予以駁回，於法已有違誤。此外，最高法院又更進一步指出，被控侵權人前以智慧財產局為被告，就系爭專利之舉發案提起行政訴訟，經智慧財產法院命專利權人獨立參加被告之訴訟，並以99年度行專訴字第77號判決命智慧財產局應為撤銷系爭專利之審定，嗣經最高行政法院以100年度判字第1037號判決駁回智慧財產局之上訴而告確定。其後智慧財產局即依該確定判決，為本件系爭行政處分，撤銷系爭專利權。是以專利權人雖對系爭行政處分提起訴願，惟依前述情事，仍應認為判決基礎之行政處分已變更。原審法院未見及此，徒以專利權人有對系爭行政處分提起訴願為由，認被控侵權人提起再審之訴，不合於民事訴訟法第496條第1項第11款所定情形，並有可議。

依照前揭最高法院之見解，系爭專利若經智慧財產局作成舉發成立之審定遭撤銷後，被控侵權人可針對以確定之判決提起民事再審之訴尋求救濟。惟需注意前揭案例中，係經智慧財產法院與最高行政法院審理，命智慧財產局應為舉發成立撤銷系爭專利之審定，因此可認為判決基礎之行政處分已變更，若程序上僅係智慧財產局初次作成舉發成立之審定，而該審定仍處於行政爭訟中，則是否可與前揭案例相提並論，同樣認為判決基礎之行政處分已變更，本文以為似乎容有討論之空間。就智慧財產法院101年度民專上再字第1號判決以觀，即採否定之見解。該案中智慧財產局雖作成舉發成立之審定，撤銷系爭專利之核准審定，惟因專利權人已提出訴願，從而該舉發成立之審定仍未確定。故智慧財產局准予系爭專利之行政處分，在舉發撤銷確定前其效力仍繼續存在，系爭專利即為有效之專利，是以並無為判決基礎之行政處分已變更，使原確定判決基礎發生動搖之情形，自與民事訴訟法第496條第1項第11款之再審理由不符，顯無再審理由。此一智慧財產法院之見解，在被控侵權人評估是否提起再審之訴時，可作為重要之參考依據。