台湾と日本との間では、２０１４年１１月２０日に、特許手続き上の微生物寄託に関する協力の覚書の締結を行ってから、法令を定め、２０１５年６月１８日から「台日間の特許手続上の微生物寄託分野における相互承認」が実施された。

微生物の寄託について、ブダペスト条約（特許手続上の微生物の寄託の国際的承認に関するブダペスト条約）の締約国では、いずれかの条約承認の国際寄託機関に寄託すれば、その他の国で特許出願を行う際にも利用することができ、各国に繰り返し寄託する必要はない。しかしながら、台湾はブダペスト条約の締約国ではないため、上記の方式で国際寄託機関に寄託された微生物の分譲を請求することができない。そのため、日本の出願人が台湾に特許を出願する際に、改めて台湾に寄託しなければならず、台湾の出願人が日本に特許を出願する際にも、国際寄託機関に寄託しなければならなかった。

寄託の相互承認が実施されてから、台湾の出願人も、日本の出願人も自国の寄託機関に寄託するだけでよく、他国で再度寄託を行う必要がなくなった。また、日本は台湾が指定する寄託機関（今は財団法人食品工業発展研究所であり、以下、「食品所」と称す）の寄託の効力を認め、台湾も日本が指定する寄託機関（今は特許微生物寄託センター（ＮＰＭＤ）又は特許生物寄託センター（ＮＩＴＥ－ＩＰＯＤ）であり、以下、「日本の国際寄託機関」と称す）の寄託の効力を認めている。

更に、本相互承認が実施される前に、台湾人が既に食品所に寄託した事実、或いは日本人が既に日本の国際寄託機関に寄託した事実がある場合には、出願日が本相互承認の実施日（実施日を含む）の後であると共に、規定された期限内に寄託証明書類を提出すれば、本相互承認が実施される前に自国での寄託事実が双方に承認されることになり、再度寄託を行う必要はない。


参考サイト：

“修正「有關專利申請之生物材料寄存辦法」並訂定「臺日專利程序上生物材料寄存相互合作作業要點」.”TIPO. 2015年6月22日。
“臺日專利審查合作大躍進！「臺日專利程序上生物材料寄存相互合作」計畫104年6月18日正式開跑.”TIPO. 2015年6月18日。
“臺日將實施專利程序上生物材料寄存相互合作計畫.”TIPO. 2014年11月20日。